• 16S rRNA Bazlı Metagenomik Dizileme

  • Bakteri ve arke çeşitliliğinin belirlenmesi.

• ITS Bazlı Metagenomik Dizileme

  • Çevresel örneklerde mantar çeşitliliğinin tespiti.

• 18S rRNA Bazlı Metagenomik Dizileme

  • Ekosistemlerdeki ökaryotik türlerin belirlenmesi.

• Tam Metagenomik Dizileme (Shotgun Metagenomik Dizileme)

  • Çevresel örneklerdeki tüm genetik materyalin dizilenmesi ve analiz edilmesi.

• Çevresel DNA (eDNA) Dizileme

  • Çevreden alınan örneklerdeki istenilen organizma veya organizmaların tespiti (toprak, su, hava, sediman vb.)

1. Bakteriyel Tüm Genom Dizileme Hizmeti:

• Bakterilerin genomlarının tam ve yüksek doğrulukla dizilenmesi.

• Direnç genleri, virülans faktörleri ve metabolik yolların analizi.

• Tür ve suş düzeyinde tiplendirme (ör. Escherichia coli, Bacillus subtilis).

2. Viral Tüm Genom Dizileme Hizmeti:

• RNA ve DNA virüslerinin tam genom dizilemesi.

• Virüslerin suş düzeyinde tespiti ve epidemiyolojik takibi.

• Viral genom varyantlarının ve mutasyonlarının belirlenmesi (ör. SARS-CoV-2, Influenza).

3. Arkeal Tüm Genom Dizileme Hizmeti:

• Ekstrem koşullarda yaşayan arkelerin genom dizilenmesi.

• Endüstriyel uygulamalar için metabolik potansiyellerin analizi.

• Arke biyolojisinin ve evrimsel ilişkilerin araştırılması (ör. Methanobrevibacter).

4. Mantar Tüm Genom Dizileme Hizmeti:

• Maya, küf ve diğer mantar türlerinin tam genom analizi.

• Antibiyotik ve diğer sekonder metabolit üreticisi mantarların incelenmesi.

• Patolojik mantarların genomik özelliklerinin araştırılması (ör. Candida albicans).

5. Protozoon Tüm Genom Dizileme Hizmeti:

• Parazit protozoonların genom dizilemesi (ör. Plasmodium falciparum, Giardia lamblia).

• Hastalık yapan türlerin genetik analizleri.

• Tedaviye yönelik hedef gen ve proteinlerin belirlenmesi.

Alglerin Tüm Genom Dizilemesi, mikroalgler, makroalgler ve siyanobakteriler gibi fotosentetik organizmaların genetik yapısını derinlemesine incelemek için sunulan bir hizmettir. Alg genomları, hem temel biyolojik araştırmalarda hem de çevresel ve endüstriyel uygulamalarda büyük öneme sahiptir.

Hizmet Kapsamı

1. Mikroalgler:

   • Chlamydomonas reinhardtii, Nannochloropsis, Dunaliella gibi türlerin dizilenmesi.

   • Yağ üretimi, biyoyakıt geliştirme ve metabolik yolak analizleri.

2. Makroalgler:

   • Kırmızı algler (Porphyra), kahverengi algler (Laminaria) ve yeşil algler.

   • Denizel ekosistem araştırmaları ve gıda uygulamaları.

3. Siyanobakteriler:

   • Fotosentetik prokaryotlar (Spirulina, Anabaena).

   • Karbon fiksasyonu ve azot bağlama yeteneklerinin genetik analizi.

Alg Tüm Genom Dizilemesi ile Neler Sağlanır?

• Genom Montajı: Alg genomunun tam ve yüksek doğrulukla dizilenmesi.

• Fonksiyonel Gen Analizi: Metabolik yollar, fotosentez genleri ve çevresel adaptasyon mekanizmalarının keşfi.

• Karşılaştırmalı Genomik: Farklı alg türlerinin evrimsel ilişkilerinin incelenmesi.

• Biyoteknolojik Optimizasyon: Yüksek verimli biyoyakıt üretimi veya gıda takviyesi geliştirme çalışmaları vb.

Amplikon Dizileme (Amplikon Sekanslama), DNA veya RNA örneklerinden kesin ve yüksek çözünürlüklü genetik bilgiler elde etmek için tasarlanmış hedefli bir analiz çözümüdür. Bu hizmet, belirli genetik bölgeleri seçici olarak çoğaltıp dizileyerek, araştırmacılara mutasyonları saptama, genetik çeşitliliği inceleme ve varyasyonları izleme konusunda etkili sonuçlar sunar.

• Hedefli Genetik Analiz: Belirli genetik bölgelerin (örneğin, belirli genler veya biyomarkerler) seçici olarak çoğaltılması ve dizilenmesi.

• Yüksek Çözünürlük: Hedeflenen genetik bölgelere dair detaylı, doğru ve güvenilir veriler.

• Genetik Varyasyon Tespiti: Mutasyonlar, polimorfizm ve diğer genetik varyasyonların saptanması.

• Hızlı ve Uygun Maliyetli: Sınırlı genetik materyalden yüksek verim alarak, hızlı ve ekonomik analiz imkanı.

Amplikon Dizileme ile Elde Edilen Veriler

• Mutasyon Tespiti: Biyomarkerler, kanser genetik varyasyonları, direnç genleri ve daha fazlasının detaylı analizi.

• Genetik Çeşitlilik: Popülasyonlar arasında genetik farklılıkları keşfetmek ve karşılaştırmalı genetik çalışmalara olanak sağlamak.

• Kapsamlı Veri: Yüksek çözünürlükte verilerle, biyolojik örneklerin belirlenen genlerinin haritasını çıkarmak.

Kullanım Alanları

• Tıbbi ve Klinik Araştırmalar: Genetik hastalıklar, kanser araştırmaları, biyomarkerlerin analizi.

• Hastalıkların Takibi: Patojenlerin, virüslerin veya bakterilerin genetik analizleri (örneğin, COVID-19 mutasyonlarının izlenmesi).

• Evrimsel Biyoloji: Popülasyon genetiği, filogeni ve evrimsel değişimlerin takibi.

• Çevresel Çalışmalar: Mikrobiyal topluluklar, ekosistem sağlığı ve çevresel analizler.

Neden Amplikon Dizileme?

• Düşük Örnek Tüketimi: Sınırlı miktarda örnekle bile yüksek kaliteli veri elde etme imkanı.

• Esneklik: Farklı hedef bölgeler ve çok sayıda farklı organizma için kullanılabilir.

• Yüksek Hassasiyet: Küçük genetik varyasyonlar ve düşük abundanslı mutasyonları dahi tespit edebilme yeteneği.

Laboratuvarımız, RNA Dizileme (RNA-Seq) hizmeti sunarak, diferansiyel gen ekspresyonu (DEG’ler), füzyon gen keşfi, tek nükleotid varyasyonları (SNV’ler) ve insersiyon/delesyonlar (Indel’ler) gibi önemli varyantları tanımlayarak genetik analizlerde ileri düzey sonuçlar elde etmenizi sağlar. Hizmetimiz, en son teknolojiler ve sınıfının en iyi biyoinformatik algoritmalarını kullanarak, RNA verilerinizdeki anlamlı genetik işaretleri ortaya çıkarır.

Hizmet Kapsamı

• Diferansiyel Gen Ekspresyonu (DEG): Farklı koşullarda veya gruplar arasında gen ekspresyon düzeylerindeki farklılıkların analiz edilmesi.

• Füzyon Gen Keşfi: Kanser, genetik hastalıklar veya diğer biyolojik süreçlerde önemli olan füzyon genlerinin tespiti.

• Varyant Tanımlama:

  • SNV’ler (Tek Nükleotid Varyasyonları): Genetik varyasyonların ve mutasyonların saptanması.

  • Indel’ler (İnsersiyon/Delesyonlar): Genetik materyaldeki küçük eklemeler ve kayıplar.

• İşlevsel Zenginleştirme: KEGG, GO, DO, Reactome ve WikiPathways gibi veritabanları kullanılarak biyolojik süreçler ve patolojik yollar üzerine zenginleştirme analizi.

Biyoinformatik Analiz ve Çıktılar

• İstatistiksel Analizler: En son biyoinformatik algoritmalar ve araçlar kullanılarak yapılan derinlemesine veri analizi.

• Isı Haritası ve PCA Analizi: RNA verilerindeki önemli ifade modellerinin görselleştirilmesi ve detaylı genel bakış.

• Zenginleştirme Analizleri: İşlevsel ve biyolojik anlam taşıyan sonuçların elde edilmesi; genetik bilgilerin biyolojik yolla anlamlandırılması.

• Yüksek Hassasiyetli Sonuçlar: Verilerinizdeki genetik varyasyonlar, mutasyonlar ve ekspresyon değişimleri hakkında yüksek doğruluklu bilgiler.

Kullanım Alanları

• Kanser Araştırmaları: Kanser türlerine özgü farklı gen ekspresyonlarının ve füzyon genlerin incelenmesi.

• Biyomarker Keşfi: Tedaviye yönelik biyomarkerlerin tespiti ve klinik analiz.

• Genetik Hastalıklar: Genetik hastalıkların moleküler temellerinin ve varyasyonlarının incelenmesi.

• Biyoteknoloji ve İlaç Geliştirme: Yeni tedavi hedefleri ve biyoteknolojik uygulamalar için genetik keşifler.

Tüm-Tam Plazmid/Faj Dizileme Hizmeti (Whole-Complete Plasmid/Phage Sequencing)

Plazmidler ve fajlar (bakteriyofajlar), mikrobiyal ekosistemlerde kritik rol oynayan genetik elementlerdir. Plazmidler, bakteriyel hücreler içinde bağımsız olarak bulunan dairesel DNA molekülleri olup, genellikle antibiyotik direnci veya metabolik yetenekler gibi yararlı genetik özellikler taşırlar. Fajlar ise bakteriyel hücreleri hedef alan virüslerdir ve bakteriyel gen transferi ile popülasyon dinamiklerinde önemli bir rol oynar. Her iki genetik unsur da bakterilerin çevresel baskılara uyum sağlamasına yardımcı olur.

Tüm-Tam Plazmid/Faj Dizileme Hizmeti, plazmidlerin ve fajların tüm genetik dizisini çözmeyi amaçlar. Bu kapsamlı analiz, araştırmacılara mikrobiyal çeşitliliği, antibiyotik direnci mekanizmalarını ve genetik transfer süreçlerini derinlemesine anlamada yardımcı olur. Plazmid ve fajların genetik yapılarının haritalanması, biyoteknoloji, çevre bilimleri ve mikroorganizmalara dayalı araştırmalarda kritik öneme sahiptir.

Hizmet Kapsamı

• Plazmid Dizilemesi: Bakterilerde bulunan plazmidlerin tüm genetik yapısının çözümlenmesi.

  • Antibiyotik Direnci Genleri: Plazmidlerin bakterilere kazandırdığı direnç genlerinin incelenmesi.

  • Metabolik Genler: Bakterilerin çevresel streslere ve değişen koşullara uyum sağlamalarını sağlayan genetik özelliklerin analizi.

• Faj Dizilemesi: Bakteriyofajların tüm genetik dizisinin çözülmesi.

  • Bakteriyofaj Etkileşimleri: Fajların bakteriyel konakçıları üzerindeki etkilerinin ve ekosistem üzerindeki rollerinin anlaşılması.

  • Genetik Transfer: Fajların yatay gen transferi süreçlerinde oynadığı rolün detaylı analizi.

Neden Tüm-Tam Plazmid/Faj Dizilemesi?

• Antibiyotik Direnci Araştırmaları: Plazmidlerin taşıdığı antibiyotik direnç genlerinin tespit edilmesi, direnç mekanizmalarının anlaşılması.

• Mikrobiyal Çeşitlilik ve Ekolojik Denge: Fajların bakteriler üzerindeki etkilerinin ve mikrobiyal ekosistemlerdeki rollerinin keşfi.

• Biyoteknolojik Uygulamalar: Plazmidler ve fajlar hakkında elde edilen genetik bilgiler, biyoteknolojik ürünlerin geliştirilmesi ve mikroorganizmalara dayalı araştırmalarda temel veriler sağlar.

• Hızlı Genetik Analiz: Plazmid ve fajların genetik analizleriyle, bakteri popülasyonları ve genetik varyasyonlar hakkında hızla bilgi edinme.

Biyoinformatik ve Sonuçlar

• Genetik Haritalama: Plazmidlerin ve fajların tam genetik yapısının haritalanması.

• Fonksiyonel Gen Analizi: Plazmidlerdeki ve fajlardaki genetik öğelerin biyolojik işlevlerinin analizi.

• Zenginleştirme ve İstatistiksel Analizler: Genetik ve işlevsel verilerin KEGG, GO ve diğer biyolojik veritabanları kullanılarak zenginleştirilmesi.

Kullanım Alanları

• Antibiyotik Direnci Araştırmaları: Yeni antibiyotik direnci genlerinin keşfi ve bu mekanizmaların tespiti.

• Biyoteknoloji: Yeni biyoteknolojik ürünler geliştirme ve mikroorganizmalara dayalı süreçlerin iyileştirilmesi.

• Çevre Bilimleri: Çevresel değişimlere karşı bakteriyel yanıtlar ve mikroorganizmalara ait genetik çeşitliliğin izlenmesi.

• Genetik Transfer ve Mikrobiyal Evrim: Yatay gen transferinin izlenmesi, mikrobiyal evrim ve patojenik potansiyel üzerine araştırmalar.