SSU (small subunit) – LSU (large subunit) Metagenomik Analizler
Metagenomik analiz ile bir numune içerisinde bulunan mikroorganizmaların çeşitliliğini ve miktarlarını belirlemek mümkündür. 16S rRNA tabanlı tür tanımlama, mikrobiyom çalışmalarında en yaygın olarak kullanılan yöntemdir. Bakterileri ~1500 bç uzunluğuna sahip 16S rRNA geni (V1 - V9) ile ayırt etmek artık standardize olmuş bir işlemdir. Ancak günümüzde kullanılan yeni nesil dizileme metotlarının çoğu bu genin sadece yaklaşık ~450 bç (V3 - V4) uzunluğundaki bir bölümü ile çalışmakta ve bu nedenle hatalı sonuçlar üretmektedir.
Oxford Nanopore uzun okuma teknolojisi sayesinde 1500 bç uzunluğundaki 16S rRNA geninin tümünü; yani ~1500 bç (V1 - V9) okuyarak türlerin ayırımına yönelik çözünürlüğü arttırmış ve bu alanda yeni bir sayfa açmıştır. V3-V4 16S bölgesinin tür tanımlaması için yaygın kullanımı, nanopor dizilemesinin izin verdiği gibi, 16S rRNA geninin tam uzunluğunun kullanılması kadar hassas değildir. Oxford Nanopore Technologies tabanlı metagenomik analizler çok farklı örnek tiplerini veya bir örneğin bileşenlerini detaylı incelemek için oldukça fazla sayıda olanak sağlamaktadır.
Bakteri, Arkea, Mantar ve Ökaryot
16S, ITS, 18S genleri
Karşılaştırmalı Analizler
Oxford Nanopore Dizileme Platformu üretilen uzun amplikonlar ile de analizler sunmaktadır. 16s rRNA bölgesinin V3-V4 bölgesini içeren yaklaşık 450 bç uzunluğunda hiper değişken bölge ile yapılan analizlerin yanısıra yaklaşık 1500 bç uzunluğunda ki tüm 16s rRNA bölgesinin çoğaltılmasıyla taksonomik çözünürlüğün arttırılması ve daha doğru sonuçlara ulaşılması mümkündür. İki yaklaşım arasındaki temel fark, kısa okuma için primer tasarımı ve amplikon üretimi için hiper değişken V3-V4 16S bölgesinin kullanılması (ortalama okuma uzunluğu - 450 bp), 16S rRNA geninin tam uzunluğu ise sadece Nanopore tabanlı mikrobiyom analizlerinde kullanılır (ortalama okuma uzunluğu – 1393 bp).
Farklı canlı gruplarına yönelik barkod genleri kullanılarak bakteri ve arkea grupları 16s rRNA geni ile, mantarlar ITS bölgesi ile, ökaryotik canlılar 18S rRNA genine yönelik sekanslama ile metagenomik analizleri gerçekleştirilmektedir. İstenildiği taktirde çalışmanın içeriğine göre farklı veritabanları kullanılması, farklı iş akışları ile kombinasyonlar yapılarak sonuçların doğruluğunun arttırılması sağladığımız hizmetler arasındadır. Popülasyon ve biyomarker çalışmalarında, örnekler arası karşılaştırmalı analizler yapılır ve ilgili görsel grafikler çalışmanıza uygun olarak oluşturulur.
